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It feels like magic——labdock_binder分子對(duì)接與做圖
labodock_binder是一個(gè)基于jupyter notebook的網(wǎng)頁(yè)應(yīng)用，為分子對(duì)接提供了一種無(wú)需下載、安裝和注冊(cè)的便捷解決方案。它利用了百度aistudio提供的免費(fèi)算力環(huán)境，結(jié)合autodock vina軟件，實(shí)現(xiàn)了高質(zhì)量的分子對(duì)接及可視化結(jié)果展示。用戶只需在百度ai studio注冊(cè)并搜索labodock_binder項(xiàng)目，即可開(kāi)始使用。
對(duì)于安全性要求高的項(xiàng)目，推薦在本地計(jì)算機(jī)（如Windows）上使用labo_binder的docker版本，以確保數(shù)據(jù)安全。此版本的使用方式與在線版本類似，無(wú)需額外學(xué)習(xí)。
本文將介紹如何將labodock_binder封裝為一個(gè)易于使用、可直接運(yùn)行的免費(fèi)網(wǎng)頁(yè)App，無(wú)需任何注冊(cè)和登陸。它通過(guò)一個(gè)網(wǎng)絡(luò)鏈接即可啟動(dòng)對(duì)接過(guò)程，并自動(dòng)生成對(duì)接結(jié)果的可視化圖。
請(qǐng)注意，頻繁的大量使用可能會(huì)導(dǎo)致網(wǎng)絡(luò)擁堵，影響其他用戶的體驗(yàn)。因此，雖然“越多越好”在某種程度上是可能的，但應(yīng)保持在合理范圍內(nèi)。
用戶只需輸入PDB_ID、Native_lig和smiles，即可啟動(dòng)對(duì)接過(guò)程。對(duì)于需要將兩個(gè)對(duì)接的小分子疊加的情況，用戶需要手動(dòng)指定幾個(gè)變量。
labodock_binder通過(guò)提供易于訪問(wèn)的預(yù)構(gòu)建鏡像和簡(jiǎn)化執(zhí)行方式，成為了一個(gè)多功能且便利的工具。用戶只需通過(guò)GitHub項(xiàng)目頁(yè)面即可訪問(wèn)其代碼和說(shuō)明文檔。開(kāi)發(fā)者通過(guò)環(huán)境文件將對(duì)接所需的軟件部署到Binder平臺(tái)，為用戶提供了一個(gè)完整的對(duì)接環(huán)境。
此工具使用了Binder、Jupyter Notebook和GitHub等現(xiàn)代技術(shù)，為用戶提供了無(wú)縫的對(duì)接體驗(yàn)。使用labodock_binder，用戶可以快速啟動(dòng)對(duì)接過(guò)程，并在無(wú)需注冊(cè)的情況下訪問(wèn)結(jié)果。
最后，本文介紹了如何通過(guò)GitHub倉(cāng)庫(kù)獲取labodock_binder的代碼，以及如何通過(guò)GitHub的launchBinder圖標(biāo)啟動(dòng)對(duì)接App。用戶可以訪問(wèn)GitHub項(xiàng)目頁(yè)面，了解詳細(xì)說(shuō)明和使用指南，以充分利用這一工具。
多重隨機(jī)標(biāo)簽
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