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解析 Ensembl 的數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器（圖文詳解）
在生物信息學(xué)的學(xué)習(xí)中，Ensembl 是不可或缺的工具，我們通常通過(guò)網(wǎng)頁(yè)訪問(wèn)它，如 uswest.ensembl.org/index.html，這個(gè)界面就像在線商店的展示，而其背后的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)則隱藏在數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器中，對(duì)我們的研究至關(guān)重要。
Ensembl 的數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)由四個(gè)服務(wù)器地址支撐，提供匿名訪問(wèn)權(quán)限，這使得我們?cè)跀?shù)據(jù)庫(kù)層面的操作更為靈活，能夠獲取更詳細(xì)的信息。Ensembl 依賴 MySQL 和 MariaDB 這兩大數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)，它們的起源和關(guān)系略有淵源：MySQL 由麥克爾·維德紐斯開發(fā)，后被 Oracle 收購(gòu)，社區(qū)成員為避免版權(quán)風(fēng)險(xiǎn)，創(chuàng)立了 MariaDB。
要連接 Ensembl 的數(shù)據(jù)庫(kù)服務(wù)器，可以使用 Navicat 工具，選擇 MySQL 連接，填寫適當(dāng)?shù)姆?wù)器地址以優(yōu)化訪問(wèn)速度。例如，連接到人類 hg38基因組的 Ensembl 104 版本架構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，其名稱遵循特定格式。
Ensemble 的核心數(shù)據(jù)庫(kù)，如 Core 數(shù)據(jù)庫(kù)，采用了星型、雪花型和星系型等多種維度模型來(lái)組織數(shù)據(jù)。星型模型是最基礎(chǔ)的，由事實(shí)表和維度表構(gòu)成，如基因信息表（gene）、等位基因表（alt_allele）和基因?qū)傩员恚╣ene_attrib）。雪花型模型通過(guò)細(xì)分維度表，增加了信息維度，而星系型則涉及多個(gè)事實(shí)表共享維度表，Ensembl 實(shí)際上采用了星系型來(lái)保證數(shù)據(jù)的全面性和清晰性。
對(duì)于生信分析師，理解這些模型有助于更高效地檢索和利用 Ensembl 數(shù)據(jù)。深入學(xué)習(xí)更多生信數(shù)據(jù)庫(kù)知識(shí)，可以訪問(wèn) zhenglei.blog.csdn.net 獲取更新內(nèi)容。
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