江寧境內(nèi)地質(zhì)條件十分復(fù)雜。常態(tài)地貌有低山、丘陵、崗地、平原和盆地，其中丘陵崗地面積最大。地勢(shì)南北高而中間低，形同“馬鞍”。境內(nèi)有大小山丘400個(gè)，主要山峰有東北部的青龍山、黃龍山、湯山、孔山等，海拔約300米，是寧鎮(zhèn)山脈主體；西南部的橫山、云臺(tái)山、天馬山、鶯子山等，海拔多在250米～350米，多系茅山余脈；中部的牛首山、方山等，海拔200米～243米。

江寧區(qū)地形呈馬鞍狀，兩頭高，中間低，地勢(shì)開(kāi)闊，山川秀麗，山體高度都在海拔400米以下（下文所有涉及高程的都指海拔高），屬典型的丘陵、平原地貌。常態(tài)地形有低山丘陵、崗地、平原等，眾多河流、水庫(kù)散步其間。

低山丘陵：江寧境內(nèi)低山丘陵面積約30570公頃，有近400座低山不均勻地分部在各街道內(nèi)，可分為東北與西南兩大片區(qū)。東北片區(qū)山脈主體呈北東走向，自湯山往東轉(zhuǎn)為近東西走向，山勢(shì)連綿，山坡陡峭，組成山體的巖石多數(shù)為古生界地層，中生界地層較少。巖石褶皺、斷裂發(fā)育，并見(jiàn)有火成巖侵入體出露。山體屬寧鎮(zhèn)山脈的西延部分。西南片區(qū)山勢(shì)雄偉，峰巒挺拔，但組成山體的巖石年齡普片晚于東北片區(qū)，屬中、新生界陸相沉積地層，其中一些山脈完全為火山噴發(fā)堆積而成。

由于常年風(fēng)化剝蝕，有些山體逐年變矮，形成緩坡地，有些形成山前堆積層、丘地或山坳。低山丘陵區(qū)幾乎都被植被覆蓋，有常綠針葉林，落葉闊葉林，竹林，喬、灌木混雜林，人工茶林或荒草地。

湯山：湯山位于湯山集鎮(zhèn)西，滬寧高速公路南側(cè)。山體長(zhǎng)軸方向呈北東東向，延長(zhǎng)達(dá)5公里，短軸方向最寬處可達(dá)1.5公里，最高峰稱團(tuán)子尖，高292.3米。山體由寒武系中上統(tǒng)厚層白云巖和奧陶系下統(tǒng)厚層灰?guī)r、灰質(zhì)白云巖等巖石組成。這里在地質(zhì)構(gòu)造上為一穹窿狀短軸背斜，團(tuán)子尖正好位于該背斜核部。湯山東、西兩端都蘊(yùn)藏有豐富的地?zé)豳Y源，都已被開(kāi)發(fā)利用。湯山山體北坡還陸續(xù)發(fā)現(xiàn)幾個(gè)溶洞，其中“葫蘆洞”面積約300平方米，因1993年在洞內(nèi)發(fā)現(xiàn)古人類顱骨和一枚牙齒化石而名氣大增，現(xiàn)已開(kāi)發(fā)成旅游景點(diǎn)。

孔山：古名雁門山。宋《景定建康志》記載：“山勢(shì)連亙，類北地雁門，因名”。唐李白詩(shī)“綠水向雁門”，即指此山?？咨轿挥跍浇值拦湃姓逭狈?，主峰高341.9米，其北面是轟隆山，高169.5米，南面連土地山，高238.9米，東面連西貌頭山，高266.4米，西面是排山，高126.8米。孔山出露一套較為完整的古生代地層，曾是華東、華中地區(qū)一些大、專院校相關(guān)專業(yè)的野外實(shí)習(xí)基地。該山出露的優(yōu)質(zhì)石灰石資源，是重要的化工原料和制水泥的原材料，正被開(kāi)采利用。

青龍山：青龍山位于江寧東北部。地跨東山、湯山兩街道。唐李白有“青龍見(jiàn)朝墩”詩(shī)句，即描述此山。又名青山，《南唐書》載，“后主李煜獵青山”。山呈北東走向，與黃龍山平行延伸，長(zhǎng)達(dá)14公里，200米以上的山峰有20個(gè)，最高峰高277米。山體為泥盆、石炭、二迭、三迭系灰?guī)r、泥質(zhì)灰?guī)r、砂巖、泥頁(yè)巖等組成。青龍、黃龍兩山間的坳地為質(zhì)地較軟的泥頁(yè)巖經(jīng)長(zhǎng)期風(fēng)化剝蝕形成。優(yōu)質(zhì)石灰?guī)r主要產(chǎn)于黃龍山及青龍山的北東端，薄煤層產(chǎn)于二迭系上統(tǒng)龍?zhí)督M砂巖泥頁(yè)巖夾層中。

祖堂山：祖堂山位于谷里街道祖堂行政村北。古名幽棲山，因南朝大明三年（459）建有幽棲寺而得名。唐貞觀初，法融：（賴融）禪師在這里得道，成為佛教牛頭宗第一祖師，山也因此更名祖堂山，又名花巖山。該山總面積約360公頃。主峰芙蓉峰，高255.9米，山體多為侏羅系火山角礫巖、沉凝灰?guī)r、集塊巖、角閃安山巖等組成。山西南麓，新中國(guó)初曾發(fā)掘了距今千年的南唐先、中二主陵墓，即南唐二陵。祖堂山西南山腰，還蘊(yùn)藏有高嶺土礦。

吉山：吉山位于東善橋集鎮(zhèn)西2公里處，主峰高235.2米。山體巖石全由閃長(zhǎng)玢巖組成，為超淺層火山巖侵入體。閃長(zhǎng)玢巖頂部發(fā)現(xiàn)一大型貧磁鐵礦床，與磁鐵礦共生的還有鈉長(zhǎng)石礦。

牛首山：牛首山位于谷里街道祖堂山正北，跨雨花臺(tái)區(qū)鐵心橋。古稱牛頭山，雙峰東西相對(duì)，狀似牛頭而得名（西峰因采礦而殘缺不全）。又名天闕山。山體總面積約500公頃，主峰高242.8米。山體由侏羅系輝石安山巖、火山角礫巖、沉凝灰?guī)r等組成。舊時(shí)此山名勝古跡較多，有著名的古剎宏覺(jué)寺。由于此山古代盛產(chǎn)松、竹、茶（名天闕茶）、蘭，尤其是暮春季節(jié)，桃花盛開(kāi)，滿山春蘭和杜鵑花，加以松竹掩映，景色絕佳，所以明清以來(lái)素有“春牛首”之稱。

云臺(tái)山：云臺(tái)山位于江寧西南的橫溪街道。 此山因古有云臺(tái)寺而得名。山體呈北東走向，總面積約720公頃，主峰高319.1米。山勢(shì)巍峨，山體由三迭系黃馬青組砂巖和侏羅系閃長(zhǎng)玢巖等組成。山東南有云臺(tái)山硫鐵礦及云臺(tái)山抗日烈士墓。宋《景定建康志》引《六朝記》云：“云臺(tái)山北有大石，如臥鼓、中空，可坐數(shù)十人，其高九尺，上有小石，吳時(shí)呼為石鼓”，今已無(wú)存。云臺(tái)山南2公里是母雞山，山高273.4米，該山亦蘊(yùn)藏有豐富的硫鐵礦資源。

橫山：橫山位于蘇皖二省的江寧、溧水、當(dāng)涂三地交界處，在江寧的橫溪、銅山南境。橫山又名橫望山、衡山。據(jù)《太平府志》載：“春秋楚子重伐吳，至衡山即此，四望皆橫，故名。”又據(jù)《當(dāng)涂縣志》稱“左氏傳作衡山，衡橫通用也?！敝鞣逡虺使靶?，太陽(yáng)一出即可照到，所以得名太陽(yáng)拱，俗稱拖船壑，面積約1835公頃。山體石質(zhì)為侏羅系西橫山組砂巖等。山由62條大小山嶺組成，蒼翠亙天，橫列若屏障。山上盛產(chǎn)竹木、藥材，野獸野禽?，F(xiàn)山區(qū)建有國(guó)有林場(chǎng)，從50年代起開(kāi)始造林，森林覆蓋面已達(dá)80%。

方山：方山位于江寧中部，秦淮河?xùn)|岸。山體呈方形，孤絕聳立，山頂遠(yuǎn)視平坦，故稱方山。又似一枚方印，也稱天印山?？偯娣e約650公頃，高208.6米，山體石質(zhì)多為第三系橄欄玄武巖、集塊巖和火山角礫巖。是南京地區(qū)著名的死火山。是晚第三紀(jì)上新世喜馬拉雅山期巖漿活動(dòng)的產(chǎn)物。一個(gè)回旋，兩次噴發(fā)，形成兩套玄武巖?；鹕娇诩邦i部充填了輝綠玢巖?；鹕綆r下部為中生界白堊系赤山組細(xì)砂巖，是很好的鑄型用砂材料。2007年12月，方山被省地質(zhì)公園評(píng)審委員會(huì)正式評(píng)審為省級(jí)地質(zhì)公園。

土山：土山位于東山集鎮(zhèn)北，秦淮河?xùn)|岸?？偯娣e約30公頃，高62.1米。山體由侏羅系象山群砂巖及礫巖組成。據(jù)《丹陽(yáng)志》記載，東晉太元中太傅（宰相）謝安，仿舊隱會(huì)稽東山，在此土山營(yíng)樓建館，竹林甚盛。世稱小東山，也叫東山。又據(jù)史志記載，謝安曾和謝玄在東山?jīng)Q策，取得“淝水之戰(zhàn)”的勝利。清代東山曾是“金陵四十景”之一，名“東山秋月”。1983年被命名為東山公園。

黃土崗地：黃土崗地主要分布于南北低山丘陵之間，面積約81610公頃。地勢(shì)呈殘丘緩崗，崗地地表起伏顯著，高10～40米。長(zhǎng)、寬1至數(shù)公里不等，幾乎為第四系黃色粘土覆蓋，俗稱黃土崗地。崗頂平緩，崗間梯田展布，自上而下，田面逐漸增大成扇狀。

沿河平原：沿秦淮河、七鄉(xiāng)河、九鄉(xiāng)河等中下游兩岸和長(zhǎng)江岸邊呈帶狀分布?？偯娣e約45206公頃。 秦淮河平原位于江寧中部，包括湖熟、淳化、東山、秣陵、祿口、谷里等街道，面積約30700余公頃。平原大部分地勢(shì)平坦，高6～8米。其中偶見(jiàn)有孤獨(dú)低山出露，如方山、尚義山等。沿江平原主要分布在江寧西部的沿江地帶。地處長(zhǎng)江天然堤與東側(cè)或南側(cè)丘陵崗地間，呈帶狀分布或呈孤島顯露在長(zhǎng)江中，地勢(shì)平坦，高程多在5米以下，最低處僅2.2米。沿江平原區(qū)的成土和耕作較遲，一般在數(shù)百與數(shù)十年內(nèi)，其內(nèi)田園規(guī)劃整齊，渠道交織。平原區(qū)是農(nóng)作物的主要種植區(qū)。 境內(nèi)河道主要有秦淮河和長(zhǎng)江兩大水系。秦淮河為區(qū)境最長(zhǎng)的河流，位于境內(nèi)中部，縱貫?zāi)媳?，?jīng)南京市雨花臺(tái)區(qū)入江，支流密布，灌溉江寧區(qū)一半以上的農(nóng)田。境內(nèi)西部瀕臨長(zhǎng)江，江岸線長(zhǎng)22.5公里，水面3667公頃。流入長(zhǎng)江的主要干流有便民河、九鄉(xiāng)河、七鄉(xiāng)河、江寧河、牧龍河、銅井河等。境內(nèi)主要湖泊有百家湖、楊柳湖、西湖、白鷺湖、南山湖、甘泉湖等。

江寧西北部瀕臨長(zhǎng)江，境內(nèi)河水多數(shù)為西北流向，入長(zhǎng)江。河流分為3個(gè)小水系。第一，青龍山、湯山以北，牛首山、天臺(tái)山以西，分別為便民河、九鄉(xiāng)河、七鄉(xiāng)河、板橋河、江寧河、牧龍河、銅井河等，是流入長(zhǎng)江的沿江水系。第二，介于青龍山、湯山、牛首山、天臺(tái)山、橫山之間的，為秦淮河水系，向西北經(jīng)秦淮河入長(zhǎng)江。第三，天臺(tái)山、橫山諸山以南，包括原小丹陽(yáng)部分地區(qū)，水流為東南流向，流入石臼湖，即石臼湖水系。

長(zhǎng)江：長(zhǎng)江自江寧西部經(jīng)過(guò)，流經(jīng)江寧境內(nèi)共長(zhǎng)22公里，水面達(dá)3666.67公頃。長(zhǎng)江水資源豐富，對(duì)江寧經(jīng)濟(jì)建設(shè)以及人民生活關(guān)系極大。沿江有和尚港、銅井河口、新濟(jì)洲、仙人磯等碼頭可停泊船只。秦淮新河在長(zhǎng)江邊建的節(jié)制閘可以排澇，可以提水抗旱，對(duì)江寧區(qū)一半以上農(nóng)田旱澇保收起著關(guān)鍵作用。江寧已在長(zhǎng)江邊建成日產(chǎn)30萬(wàn)噸自來(lái)水提水工程，保證向江寧城區(qū)充分供應(yīng)工業(yè)、生活用水。

秦淮河：秦淮河本名龍藏浦，漢代起稱淮水。李白《留別金陵諸公》詩(shī)中，有“六代更霸王，遺跡見(jiàn)都城。至今秦淮間，禮樂(lè)秀群英”的詩(shī)句，出現(xiàn)了“秦淮”河名。秦淮河為江寧境內(nèi)最大河流，縱貫?zāi)媳?，支流密布，灌溉江寧區(qū)農(nóng)田3.47萬(wàn)公頃，占江寧區(qū)農(nóng)田面積一半以上。這條河有兩個(gè)源頭：東源句容河，出自句容城北30公里的寶華山，匯集赤山湖水之后，進(jìn)入江寧區(qū)湖熟街道，到西北村與南源匯合。南源溧水河，來(lái)自溧水區(qū)東南10公里的東蘆山，經(jīng)溧水和江寧的銅山、祿口、秣陵、龍都等地，兩源在西北村匯合后，再繞方山的南西兩面，轉(zhuǎn)西北流至東山、河定橋，經(jīng)秦淮新河流入長(zhǎng)江。兩主流河長(zhǎng)110公里，在江寧境內(nèi)長(zhǎng)約80.5公里，是秦淮河的主要河道。在江寧的主要支流有湯水河、索墅河、解溪河、云臺(tái)山河、牛首山河，總長(zhǎng)共167.8公里。秦淮新河是1975～1979年，從東山附近的河定橋至南京郊區(qū)的金勝村入江處開(kāi)挖的一條全長(zhǎng)18公里、河面寬130～200米，行洪800立米/秒的人工泄洪河。在河口建有節(jié)制閘，用于排洪、抗旱和航運(yùn)。

七鄉(xiāng)河：源頭在江寧境內(nèi)的湯山、孔山。舊時(shí)因流經(jīng)孟塘、孟北等七鄉(xiāng)，得名七鄉(xiāng)河。該河在湯山境內(nèi)先呈東西流向，后折而北流，經(jīng)南京市棲霞區(qū)攝山鄉(xiāng)的漳橋、西渡流入長(zhǎng)江。在江寧境內(nèi)長(zhǎng)約11公里，為湯山街道重要泄洪和灌溉河道。

九鄉(xiāng)河：源頭在江寧區(qū)湯山街道，北經(jīng)南京市棲霞區(qū)石埠橋注入長(zhǎng)江。這條河相傳秦代開(kāi)鑿，古稱瑣石溪，下游是明代重要運(yùn)糧運(yùn)石水道，又名運(yùn)糧河。新中國(guó)前，該河主要為九個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)數(shù)萬(wàn)畝農(nóng)田排灌所用，故改名九鄉(xiāng)河。全長(zhǎng)約10公里，江寧境內(nèi)長(zhǎng)約6公里，除泄洪、灌溉外，下游還是運(yùn)輸石料的主要水道。

板橋河：源頭在牛首、吉山等山，在南京市雨花臺(tái)區(qū)大勝關(guān)附近入江。全長(zhǎng)15公里，在江寧境內(nèi)長(zhǎng)約3公里。舊稱板橋浦，1910年更為現(xiàn)名。因河身窄淤，僅供兩岸灌溉用。

江寧河：古稱南浦，也稱江寧浦，源頭在安徽天馬、蘿卜山和江寧境內(nèi)的娘娘山、楊家山，在江寧街道河口附近注入長(zhǎng)江。江寧境內(nèi)長(zhǎng)約15公里，灌溉江寧約4666.67公頃農(nóng)田，自江寧集鎮(zhèn)以下段，夏季可通船。

牧龍河：古稱牧龍浦。宋《景定建康志》稱：“舊有香木浮其上，土人迎之以建亭，曰木龍亭”。后“木”訛傳成“牧”，才有今名。源自銅井經(jīng)牧龍鎮(zhèn)入長(zhǎng)江。全長(zhǎng)約4公里。

銅井河：源頭在銅井集鎮(zhèn)，向西流入長(zhǎng)江。全長(zhǎng)2.8公里。

水庫(kù)：江寧境內(nèi)水庫(kù)大小有幾十個(gè)，較大一些的有趙村水庫(kù)、紅星水庫(kù)、公塘水庫(kù)、谷里水庫(kù)、百家湖、東焦水庫(kù)、佘村水庫(kù)、黃龍埝水庫(kù)、譚山水庫(kù)、湯山水庫(kù)、安基山水庫(kù)等。多數(shù)水庫(kù)對(duì)防洪抗旱、農(nóng)田灌溉、水產(chǎn)品養(yǎng)殖、人民生活用水起著重要作用，少量水庫(kù)還開(kāi)發(fā)成風(fēng)景區(qū)，成為旅游觀光景點(diǎn)。 江寧區(qū)脊椎動(dòng)物有290種，主要分為家禽家畜、野獸、鳥(niǎo)類、爬行動(dòng)物、魚(yú)類、昆蟲(chóng)等。珍貴動(dòng)物有中華鱘、揚(yáng)子鱷、獐、獾、穿山甲、龜、鱉、刀魚(yú)、鰣魚(yú)、鰻魚(yú)等，其中中華鱘、揚(yáng)子鱷屬國(guó)家一類保護(hù)動(dòng)物。江寧區(qū)有木本植物和藥用植物1000種，較珍貴的有雪松、柏樹(shù)、銀杏、楓樹(shù)、金桂、銀桂、櫸樹(shù)，明黨參、夏枯草、板蘭根、桔梗、蒼術(shù)、百部、柴胡、女貞子等。